《云南大學學報（自然科學版）》（雙月刊）創刊于1938年，本刊歷史悠久，1938年8月出版了《云南大學學報》第二類（數理版）第一號，為外文版，第1篇為世界著名數學大師的論文“Om Two Affine Connections”(兩類仿射聯絡)。獲獎情況：1999年榮獲全國優秀高校自然科學學報及教育部優秀科技期刊評比二等獎；1997年榮獲全國第二屆優秀科技期刊評比二等獎；1995年全國重點大學優秀科技期刊評比二等獎。

《云南大學學報（自然科學版）》改革開放以來，學報立足本校，面向社會，取得了長足進步，在學術質量，編排規范化，標準化，編輯部現代化建設方面，成績顯著。近10多年來，共獲省部級獎9次。