《新疆農業大學學報》（雙月刊）創刊于1965年，是新疆農業大學主辦的向國內外公開發行的農業綜合性學術期刊。辦刊宗旨是：堅持四項基本原則，貫徹“科學技術必須面向經濟建設”和“百花齊放，百家爭鳴”的方針，為促進學術交流，發展學科理論，推動科技進步，發展農業生產服務。報道范圍主要刊登本校各分院、研究所的科研新成果，適當刊登外來稿。從多方面反映了農業的科技發展新動態。讀者對象為國內外農業科技工作者、高等院校師生及農業管理人員。

《新疆農業大學學報》1996年在第二屆全國農業期刊評比中榮獲“優秀農業期刊獎”；1997年榮獲第二屆全國優秀科技期刊評比“三等獎”；1999年在全國高等學校自然科學學報及教育部優秀科技期刊評比中榮獲“三等獎”。