《南京中醫藥大學學報》（雙月刊）創刊于1959年創刊，是由南京中醫藥大學主辦的全國有影響的綜合性中醫藥學術刊物。

《南京中醫藥大學學報》設有學術探討、臨床研究、方藥研究、針灸推拿、醫史文獻臨床報道、經驗交流等專欄。

《南京中醫藥大學學報》是國際標準連續出版物，被北大2008版核心期刊收錄。