《福建農林大學學報(自然科學版)》（雙月刊）創刊于1953年，是綜合性的農業學術期刊，立足本校，面向社會，主要刊載作物科學、植物保護、園藝科學、林業科學、生命科學、動物科學、蜂學、資源與環境學、食品科學、材料工程、計算機與信息科學、機電工程、交通等及相關學科的基礎研究、應用研究和開發研究等方面的學術論文。讀者對象為國內外有關專業的科技工作者、高等院校教師和研究生等。

《福建農林大學學報(自然科學版)》獲中國自然科學核心期刊；第二屆全國優秀科技期刊；全國高校優秀自然科學學報；華東地區優秀期刊。