《吉林醫藥學院學報》（雙月刊）創刊于1979年，由吉林醫藥學院主辦。本學報為在國內外公開發行的醫藥衛生類綜合性學術期刊。主要反映學院在醫學科研、醫療、教學方面的新成果、新技術、新經驗，內容包括基礎醫學、臨床醫學、預防醫學、藥學、醫學檢驗、營養學、護理學、衛生管理等，欄目設置有論著、經驗交流、技術。

《吉林醫藥學院學報》1999年獲全國醫學期刊質量評比一等獎。