《皖南醫學院學報》（雙月刊）創刊于1974年，是由皖南醫學院主辦的綜合性醫學期刊。主要反映學院科研、教學、醫療的新成果和新經驗，促進院內外學術交流和科研、教學、醫療水平的提高，同時為教學實習基地的醫療衛生工作者提供學術交流的平臺。主要欄目：基礎醫學、臨床醫學、時間生物醫學、麻醉醫學、口腔醫學、法醫醫學、醫學心理學、臨床護理。

《皖南醫學院學報》獲全國高等醫（藥）學院校學報優秀編輯獎；全省高校自然科學學報二等獎。