《醫學爭鳴》（雙月刊）創刊于1980年3月，是由第四軍醫大學主辦的國內外公開發行的高級綜合性醫學學術期刊。面向中高級醫學科學工作者，已被列為國家統計源期刊和核心期刊，同時被中國各大檢索系統，美國化學文摘(CA)和俄羅斯文摘雜志（AJ）收錄，其影響因子和被引頻次在全國醫科大學學報中名列前茅。此外，學報還榮獲首屆中國期刊獎和解放軍期刊榮譽獎。加強與國際間的聯系與交流也是第四軍醫大學學報的一項重要工作，目前與世界40余個國家和地區的院校及科研機構保持學術交流。第四軍醫大學學報刊載的論文主要為我校和我國學者承擔的國家自然科學基金資助和世界衛生組織基金資助的重點研究課題，同時十分注重刊載國內外專家學者撰寫的論文。

《醫學爭鳴》榮獲首屆國家期刊獎；第二屆國家期刊獎提名獎；第五屆百種中國杰出學術期刊；中國高校優秀科技期刊等。