《云南中醫學院學報》（雙月刊）創刊于1978年3月，為中國科技核心期刊,是由云南中醫學院主辦的公開發行的綜合性中醫藥學術期刊，是我省較早公開出版發行的高校學報之一。主要反映我院及全國中醫藥科研、醫療、教學等方面的新成果、新信息，并突出中醫藥學術特色。

《云南中醫學院學報》2009年，第二、三屆云南期刊優秀欄目獎； 2006年首屆中國高校特色科技期刊獎； 2004年教育部科技司優秀編輯出版質量獎； 1995年中醫藥管理局優秀期刊二等獎； 1995年國家教委科技司優秀學報三等獎等。